El Río Bogotá nace en Villapinzón, en el Alto de la Calavera y desemboca en el río Magdalena por su margen derecha, al oriente de la ciudad de Girardot.  Tiene una longitud total de 255 km, y su cuenca hidrográfica
cubre un área de 6107 km². Drena numerosos municipios del departamento y después de abandonar la sabana de Bogotá se precipita desde una altura de 157 m en el Salto del Tequendama. Su curso es regulado por los embalses del Muña y El Sisga. Con sus aguas se genera energía eléctrica para Bogotá y las poblaciones vecinas.

Es uno de los ríos más contaminados del mundo. Desde su nacimiento recibe dos clases de residuos: inorgánicos, llamados sólidos suspendidos, como residuos de curtiembres, botellas, plásticos, papel, llantas; y orgánicos: aguas residuales de usos domésticos especialmente generadas en Bogotá y aportadas al río a través de sus tres afluentes. Diariamente el Río Juan Amarillo le entrega 135 toneladas de sólidos suspendidos y 105 de materia orgánica; el Río Fucha le aporta 650 toneladas de sólidos suspendidos y 300 de materia orgánica; y el río Tunjuelito contribuye con 571 toneladas de sólidos suspendidos y 80 de materia orgánica.

Al terminar su paso por la sabana, las aguas del río son utilizadas para la generación de energía eléctrica. El río mueve siete plantas ubicadas en San Antonio y Mesitas del Colegio que generan un total de 1282 megavatios hora, lo cual significa cerca del 75% de energía eléctrica utilizada en Bogotá y sus alrededores. La planta de Canoas produce 50 megavatios, Salto I  60, Salto II  80, Laguneta  72, Darío Valencia 300, La Guaca y El Paraíso 720.

Al terminar su paso por estos dos municipios el río continúa su curso hacia Girardot. En su camino vuelve a recibir oxígeno al golpearse contra las piedras que encuentra en su cauce, y vuelve a ser nuevamente un río vivo.